Johan giftet seg med Gudrun Olsd. Svanem 1909, Nidarosdomen Trondheim. Gudrun (datter av Ola Amunds. Svanem og Gunnhild Kristoffersd. Øye) ble født 1890 , Svanem Heim Hemne; døde 1967, Heim, Hemne. [Gruppeskjema] [Familiediagram]

1. Astrid Johansd. Vaagan ble født 1910 , Vågan Heim, Hemne; døde 1972, Heim, Hemne.
2. Odd Johans. Vaagan ble født 1912 , Vågan Heim, Hemne; døde 1986, Heim, Hemne.
3. Kolbjørn Johans. Vaagan ble født 1914 , Vågan Heim, Hemne; døde 1995, Heim, Hemne.