Johan giftet seg med Alida Olsd. Svanem 1910, Nidarosdomen Trondheim. Alida (datter av Ola Amunds. Svanem og Gunnhild Kristoffersd. Øye) ble født 1887 , Svanem Heim Hemne; døde 1955, Heim, Hemne. [Gruppeskjema] [Familiediagram]

1. Ragnhild Johansd. Vaagan ble født 1911 , Hellandsjø Hemne; døde 1998, Heim, Hemne.
2. Gunvor Johansd. Vaagan ble født 1913 , Hellandsjø Hemne; døde 2004, Heim, Hemne.
3. Nils Johans. Vaagan ble født 1915 , Hellandsjø Hemne; døde 1979, Heim, Hemne.
4. Kristine Johansd. Vaagan ble født 1918 , Hellandsjø Hemne; døde 1988, Heim, Hemne.
5. Gudrun Johansd. Vaagan ble født 1921 , Hellandsjø Hemne; døde 1990, Heim, Hemne.